กองคลัง ได้เริ่มจัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา พ.ศ.2518 โดยมีรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการรักษาการ

ตามพระราชบัญญัตินี้ การแบ่งโครงสร้างส่วนราชการในวิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา ได้มีการแบ่งงานภายในตามโครงสร้างเป็น 5 แผนก ประกอบด้วย

1. แผนกการเงิน

2. แผนกบัญชี

3. แผนกตรวจสอบ

4. แผนกพัสดุ

5. แผนกงบประมาณ

ปี พ.ศ. 2532 วิทยาลัยเทคโนโลยีและอาชีวศึกษา เปลี่ยนชื่อเป็น สถาบันเทคโนโลยีราชมงคล

ปี พ.ศ. 2542 ตามประกาศสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล ได้แบ่งโครงสร้างหน่วยงานของกองคลัง เป็น 6 ฝ่าย ประกอบด้วย

1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป

2. ฝ่ายการเงิน

3. ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินงบประมาณ

4. ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินนอกงบประมาณ

5. ฝ่ายงบประมาณ

6. ฝ่ายบัญชี

ปี พ.ศ. 2547 กองคลัง ได้มีการเปลี่ยนแปลงชื่อเดิม ฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินนอกงบประมาณและฝ่ายตรวจสอบและเบิกจ่ายเงินงบประมาณ

เป็นฝ่ายเบิกจ่าย 1 และ 2 ประกอบด้วย 6 ฝ่าย ประกอบด้วย

1. ฝ่ายบริหารงานทั่วไป

2. ฝ่ายการเงิน

3. ฝ่ายบัญชี

4. ฝ่ายเบิกจ่าย 1

5. ฝ่ายเบิกจ่าย 2

6. ฝ่ายงบประมาณ

ปี พ.ศ. 2548 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวได้ทรงลงพระปรมาภิไธย เมื่อวันที่ 8 มกราคม 2548 และได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา วันที่ 18 มกราคม 2548 มีผลบังคับใช้ตั้งแต่ 19 มกราคม 2548 เป็นมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล

รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ได้ออกประกาศเกี่ยวกับการโอนกิจการ ภาระผูกพันของสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล เป็นของมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลแต่ละแห่ง ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล

พ.ศ. 2548 ลงวันที่ 14 มิถุนายน 2548 และลงในราชกิจจานุเบกษา ผลใช้บังคับ เมื่อ 8 สิงหาคม 2548 มหาวิทยาลัยฯ ได้มีหนังสือสั่งการให้ข้าราชการ และลูกจ้าง ที่ปฏิบัติงานในสายสนับสนุนไปปฏิบัติหน้าที่ในวันทำการวันแรกของปีงบประมาณ 2549 ของแต่ละ มทร. นั้น ๆ

มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลพระนคร ได้มีการปรับนโยบายการบริหารจัดการแบบรวมศูนย์ โดยกองคลังแบ่งงาน ออกเป็น 6 ฝ่าย ประกอบด้วย

1. ฝ่ายบริหารทั่วไป

2. ฝ่ายการเงิน

3. ฝ่ายบัญชีและงบประมาณ

4. ฝ่ายเบิกจ่าย

5. ฝ่ายพัสดุ

6. ฝ่ายบริหารทรัพย์สิน

ปัจจุบันกองคลัง แบ่งงานภายในตามโครงสร้างและอัตรากำลังของกองคลัง ปีงบประมาณ 2551-ปัจจุบัน จากฝ่าย เปลี่ยนเป็นงาน 8 งาน ประกอบด้วย

1. งานบริหารทั่วไป

2. งานการเงิน

3. งานบัญชี

4. งานเบิกจ่าย 1

5. งานเบิกจ่าย 2

6. งานงบประมาณ

7. งานพัสดุ

8. งานบริหารทรัพย์สิน